اسکوبی دو روایتی درباره سگی به نام اسکوبی دو و گروه انیگما است. آنها شامل فرد، دافنه، ولما و شگی هستند که یک ماجراجویی هیجان‌انگیز و خطرناک را انجام می‌دهند. اما ناگهان اتفاق عجیبی برایشان می‌افتد و هر کدام مسیر جداگانه خود را در پیش می‌گیرند. با این وجود، سرانجام آنها علاوه بر تلاش برای اتحاد دوباره، بر این کشمکش غلبه می‌کنند. آنها تلاش می‌کنند تا اتحاد مرموز پارک تفریحی جزیره وهم‌آلود را از ظهور غیرمعمول بازدیدکنندگانی که به آنجا می‌آیند، جدا کنند.