داستان فیلم در دهه‌ای پس از استفاده از یک ربات فیل‌نما به نام «یاگر» برای غلبه بر هیولای عظیم‌الجثه از اعماق دریا روایت می‌شود. این فیلم بر روی جیک ویتساندی، پسر سرکش استکر ویتساندی، تمرکز دارد که با موری کوسه ماکو متحد می‌شوند تا هم‌سن‌وسال‌های جدید خلبان یگر، شامل رقیبش ال و هکر ۱۵ ساله آمارا، را در برابر تهدید جدید کایجو قرار دهند.