پس از آتش‌بس بین جناح نیک و جناح موش‌ها، دنیای باغ‌وحش وارد دورانی از صلح شده است. موش شرور، بو بو اسکوئیل، مصمم است که علیه پیمان صلح اقدام کند و به هر قیمتی جنگ را دوباره آغاز کند. قهرمان جناح نیک، کلاهک اتمی و بمب‌افکن -۵۲، مجبور می‌شوند از خود دفاع کنند، نوچه انتقام‌جوی بو بو را خنثی کنند و با هر آنچه در اختیار دارند از دنیای باغ‌وحش دفاع کنند.