در «نینجای شطرنجی ۲»، بار دیگر پسری به نام الکس و نینجای شطرنجی را در یک جستجوی هولمن دیوانه‌وار برای یافتن رذل فیلم اول، فیلیپ اپرمینت، دنبال می‌کنیم. از آنجایی که اپرمینت موفق می‌شود از حکم زندان در پادشاهی تایلند فرار کند، نینجای شطرنجی به صورت زنده به دنبال الکس می‌آید و او را پیدا می‌کند. آنها با هم و به همراه تمام اعضای خانواده الکس، اکنون باید به پادشاهی تایلند بروند تا اپرمینت را از بین ببرند. الکس و نینجای شطرنجی به یک پست تبلیغی ناامن حمله می‌کنند، جایی که رابطه دوستانه آنها گاهی اوقات تحت فشار شدید قرار می‌گیرد.