پرونده ایکس در سال ۱۹۹۸ اتفاق می‌افتد، در همان بخش، پسری در گودالی نزدیک خانه‌اش می‌افتد و جمجمه انسان پیدا می‌کند. وقتی آن را نگه می‌دارد، رنگ روغن سیاه روی ساختار ارگانیک او تغییر می‌کند و چشمانش سیاه می‌شود. چهار آتش‌نشان می‌رسند و برای نجات او به داخل گودال می‌روند، اما رمزها بیرون می‌آیند.