سونیک، ناکلز و تیلز بار دیگر برای مقابله با تهدیدی جدید و بسیار قدرتمند کنار هم قرار می‌گیرند. این بار آن‌ها با شدو روبه‌رو می‌شوند؛ دشمنی مرموز که توانایی‌هایش فراتر از هر چیزی است که تاکنون تجربه کرده‌اند. با ناتوانی در شکست دادن او به روش‌های معمول، این گروه مجبور می‌شود به دنبال متحدان تازه و راه‌حل‌های غیرمنتظره بگردد. در حالی که سرنوشت زمین در خطر قرار گرفته، آن‌ها باید اختلافات خود را کنار بگذارند و با همکاری یکدیگر از وقوع فاجعه‌ای بزرگ جلوگیری کنند.