ناوگان آرک نابود شده است و یکی از شخصیت‌های مهم نظامی دشمن به دلیل فرود ناگهانی‌اش از بین رفته است. در حالی که نیروی بازدارنده مکان مقدس، فرقه میکائیل، برای حمله نهایی به کاخ وایزولف، دوباره گرد هم می‌آیند، واحد اندازه‌گیری ، به همراه متحد جدیدشان، اشلی آشرا، آماده‌اند تا آنها را متوقف کنند. در همین حال، شین که گیاسش از کنترل خارج شده، سفر می‌کند تا یک بار برای همیشه وجود برادر خونی کوچکش را از بین ببرد. اما آکیتو، که به لیلا قول داده زنده برمی‌گردد، از پذیرش چنین سرنوشتی امتناع می‌کند و این دو در نبرد پایانی خود با هم درگیر می‌شوند.